我院消化内科是由原云锡总医院内科分离出来不断发展壮大的科室，目前由住院部、专科门诊、消化内镜中心三部分组成。

内分泌代谢科成立于1993年，是集临床、科研、教学、预防保健为一体的特色专科。目前科室开设了各型糖尿病及急慢性并发症的诊断、筛查、治疗（可开展各种胰岛素注射、胰岛素泵治疗技术、糖尿病周围循环治疗、糖尿病足部治疗）；各种低血糖症；甲状腺及甲状旁腺疾病；甲状腺功能亢进与减退症、甲状腺炎、甲状腺结节；脑垂体瘤、腺垂体瘤功能减退症、肾上腺皮质功能减退与亢进症；肥胖与脂肪肝-代谢综合征；内分泌高血压、多囊卵巢综合症等。各种代谢性疾病：痛风与高尿酸血症、血脂紊乱、骨质疏松症等。

神经内科是1993年从原云锡总医院大内科分离出来的独立的临床科室，全科人员以“精医重德、团结奉献”的团队精神，开拓进取，勇于创新，经过26年的建设，现已成为医院的主力科室，科室拥有一支临床经验丰富、专业技术精湛的专家团队和一批先进的设备，现有医师9人，其中副主任医师2人、主治医师3人、住院医师4人，护士17人。神经内科开设普通床位54张，重症监护床位（NICU）3张，配备有德国进口EME经颅多普勒超声诊断仪一台、以色列经颅多普勒超声诊断仪一台、，以及脑电仿生治疗仪、亚低温治疗仪、电动排痰仪、气压治疗仪、电脑中频治疗仪、中央监护系统、高压氧舱等诊疗设备。

红河州第三人民医院心血管内科自1994年独立组建以来，历经20余年的发展，目前已经成为心血管病诊治技术较为成熟的科室。